L'équipe GRIV a développé une plateforme bioinformatique pour l'exploitation des données génomiques, Elle a notamment conçu des logiciels d'haplotypage qui sont parmi les meilleurs au monde. Jusqu'a présent, la référence pour le calcul des haplotypes était Phase 2.1 développe par Stephens et al. Le problème de Phase 2.1 était sa lenteur.

Ishape a été développe en 2007 : il va jusqu'a 15 fois plus vite que Phase 2.1 sur des donnees standard. Il est équivalant voir plus précis que Phase pour inférer les haplotypes sur des SNP ayant un certain déséquilibre de liaison et sur une population assez homogène génétiquement. Ishape sera typiquement très efficace pour haplotyper les SNPs sur un gêne (jusqu'a 100 SNPs) dans une population caucasienne.

Le deuxième logiciel, Shape-IT, a été développe en 2008 : il devrait devenir la référence dans le domaine de l'haplotypage. Il fournit des résultats toujours identiques a ceux de Phase 2.1 car il est base sur le même modèle génétique, mais il possède une amélioration algorithmique majeure qui lui permet d'être jusqu'a 150 fois plus rapide.

ISHAPE

SHAPEIT

Genetropy